İlimiz Aslantepe, Değirmentepe, Cafer, İmamoğlu, Pirot ve Köşkerbaba höyüklerinde yapılan kazı ve araştırma çalışmalarında ele geçen buluntular, yöredeki ilk insan yerleşmelerinin Geç Kalkolitik Çağ'da (İ.Ö. 400-3500) kurulduğunu göstermektedir.
Yörenin adı Asur ve Urartu kaynaklarında farklı yazılış biçimleriyle Maldia, Millidia, Melide, Meliddu ve Melitea olarak geçer.
Roma yönetimi sırasında Melita ve Melitane adıyla anılan Sasaniler'e karşı bir sınır kalesi konumunda olan kent, Araplarla Bizanslılar arasında birçok kez el değiştirmiştir.
Araplar tarafından Malatiye adıyla anılan kent Danişmentliler'in daha sonra da Anadolu Selçukluları'nın eline geçti. Osmanlılara Memlükler arasında çekişmeye konu olan Malatya bir süre Dulkadiroğulları'nın yönetimine girdi.
1515'te I. Selim'in (Yavuz) Osmanlı topraklarına kattığı kent, daha sonra Zülkadriye Eyaletine bağlı Malatya sancağı merkezi yapıldı.
1839'da Kavaklı Mehmet Ali Paşa'nın kuvvetleriyle çarpışmaya hazırlanan Osmanlı Ordusu, burada konakladı. Bu arada askerlerin evlere yerleştirilmesi üzerine, kent halkı bir süre sayfiye yeri olan Aspuzu'ya göç etti. Askerler ayrıldıktan sonra, yıkıntı haline gelmiş olan eski evlerine dönmeyen halk, Aspuzu'da bugünkü Malatya kentinin temellerini attı.
Önce Diyar-bekr daha sonra Mamuret-ül Aziz (Elazığ) vilayetlerine bağlanan Malatya sancağı, Cumhuriyetle beraber il merkezi yapıldı.
Genellikle karasal iklimin hakim olduğu Malatya, doğu Anadolu bölgesinin en kalabalık iki ilinden biridir.
Malatya, belli başlı göstergeler açısından eğitim düzeyi, Türkiye ortalamasının altında olmasına karşın, doğu Anadolu bölgesinde eğitim düzeyi en yüksek illerden biridir. Okur-Yazar oranı, yüksek öğretime geçiş oranı gibi eğitim göstergeleri açısından Malatya bölge ortalamasının üstündedir.
Elimizdeki mevcut kaynaklarda; 1277 Malatya doğumlu, icazetli H.Hüseyin Hüsnü BEKTAŞ ismindeki zat, 03.04.1919 tarihinde ilimizde ilk defa Müftü olarak atanmış ve 11.10.1938 yılına kadar bu görevde kalmıştır.
Bugün İl Müftülüğümüz; bir müftü, dört müftü yardımcısı, sekiz vaiz, üç şube müdürü, iki murakıp, bir ayniyat saymanı, üç şef, iki teknik hizmetler personeli, onbeş V.H.K.İ., iki şoför ve altı yardımcı hizmetler personeli ile hizmetini sürdürmektedir.
İlimizin Akçadağ, Arapgir, Arguvan, Battalgazi, Darende, Doğanşehir, Doğanyol, Hekimhan, Kale, Kuluncak, Pütürge, Yazıhan ve Yeşilyurt olmak üzere 13 ilçesinde Müftülük teşkilatı bulunmaktadır. İlçeler dahil ilimizde 961 camimiz bulunmaktadır.